朱载坖最近是感觉非常之忙，新任礼部尚书赵贞吉上任之后，奏疏就没有停过，除了太子大婚，朱载坖的万年吉壌也要开始筹备了。
朱载坖本人对此事很不爽，但是他也很清楚，这是大明祖制，朱载坖命令钦监、礼部、工部择定陵寝，准备动工。
除此之外，吐鲁番也向大明遣使，大明派兵收复哈密，对于他们来是沉重的打击，他们原本就在叶尔羌汗国的打击下极为困顿，现在大明收复哈密，使得他们地盘更加了，他们这些遣使大明，是希望大明能够支持他们对抗叶尔羌。
但是据马芳了解到的情况，现在叶尔羌汗国势力相对较大，而吐鲁番陷入内乱以至衰落，马芳对于吐鲁番是不看好的。大明对于西域已经是非常陌生了，在这种情况下，朱载坖接受了吐鲁番使者呈递的奏疏，但是对于支持吐鲁番对抗叶尔羌汗国，朱载坖并没有立即就下定决心，而是命令朝廷和边疆的大员们讨论此事。
不过在大明君臣们看来，叶尔羌和吐鲁番本就是一家，没有什么区别。叶尔羌通过吐鲁番以朝贡的方式，同大明保持着朝贡关系，大明对于这些西域的国不甚了解，朱载坖于是命令吐鲁番使臣上疏详细陈述现在的情况。
吐鲁番和叶尔羌本来都是东察合台汗国的余部，在原东察合台汗国境内出现了两个政权并存的局面，即占据喀什噶尔、阿克苏、和田等南疆大部分地区的叶尔羌汗国，以及占据吐鲁番、哈密的满速儿汗政权。
嘉靖二十二年，满速儿汗死，子沙汗继位。 后来，沙汗死于一次与瓦剌的战斗郑叶尔羌汗国的第三代汗阿不都克里木就开始趁吐鲁番衰落，蚕食吐鲁番的地盘，吐鲁番本就不是叶尔羌汗国的对手，现在大明又将哈密夺走了，他们现在请求大明支持吐鲁番，他们愿意为大明藩篱。
朱载坖得知此事过后，还是召集中重臣们予以讨论，主要问题就是是否应该支持吐鲁番，以左都御史葛守礼、礼部尚书赵贞吉、户部尚书刘体乾为首的一派主张放任自流，他们认为吐鲁番本就不是什么善类，现在叶尔羌和吐鲁番互相攻伐，对于大明来，何必置身于他们之间的斗争，任其内斗即可。
吏部尚书杨博、兵部尚书霍冀、刑部尚书赵文华、工部尚书朱衡等人认为，应该支持吐鲁番，因为现在的吐鲁番已经无法对大明构成威胁了，对大明构成威胁的是叶尔羌了，一旦吐鲁番为叶尔羌所吞并，哈密就会直接面对叶尔羌，到时候大明还是要面对是否用兵的选择，不可能轻易将好不容易夺回来的哈密给放弃掉。
他们认为应当支持吐鲁番和叶尔羌汗国的对抗，御敌于国门之外，这样是最稳妥的办法。因为叶尔羌汗国现在兵锋正锐，大明需要将吃下来的土地消化掉，所以不便在西域大规模用兵，最好的办法就是扶持吐鲁番对抗叶尔羌汗国。
内阁也赞同杨博等饶观点，高拱就认为，吐鲁番、叶尔羌本系同源，都是东察合台汗国的后裔，他们现在虽然改信回教，但是他们终究是北虏，一旦叶尔羌将吐鲁番征服了，到时候叶尔羌汗国宣称自己是察合台汗国唯一,合法的继承人，率西域之众东征，要求恢复当年察合台汗国的故土，对于大明来那可就不妙了。
所以高拱等阁臣的建议就是扶持吐鲁番，同时派遣使臣前往西域，调停叶尔羌和吐鲁番的纷争，给大明争取时间。朱载坖决定支持高拱等饶主张，介入西域事务，重振大明声威。
责成三边总制方逢时负责办理此事，还有就是马芳等参战将领的赏赐问题，朱载坖认为马芳、李成梁率军收复哈密，功在社稷，要予以赏赐，马芳由伯升侯，李成梁封伯，此举遭到了文官们反对，他们认为朱载坖即位以来对于武将的赏赐已经是过于丰厚了，现在马芳、李成梁又要重赏，他们当然不愿意了。
但是这次朱载坖并没有听从文官乃至于内阁的建议，朱载坖直接以中旨的形式下令，将马芳由丰州伯晋升为萝川侯，因为马芳是山西蔚州人，而蔚州古称萝川，故而以封马芳，李成梁封沙州伯，以表彰他们在克复哈密中所建功勋。
内阁在无法阻止朱载坖给马芳、李成梁封爵之后，转而提出建议，马芳已经五十六岁了，作为武将，经年作战，对于身体自然是极为不好的，现在马芳已经功成名就了，为了爱惜人才，内阁请求在京师为马芳建造宅邸，将其调回京师，保全马芳，在五军都督府任职即可。
朱载坖收到内阁的奏疏之后，不禁哑然失笑，内阁现在都明着搞了，朱载坖当然知道内阁的意思，就是要将马芳调回京师束之高阁限制起来，现在的五军都督府哪有什么实权，纯粹是勋臣养老的地方，马芳调回来的有什么用？
但是朱载坖考虑到马芳的年岁也确实不了，调养一下也是应当的，于是下旨，沙州伯李成梁接替马芳担任提督陕西三边军务总兵官，大同镇总兵黑春暂代提督宣大山西军务总兵官，萝川侯马芳加左军都督府左督抚，少保兼太子太保、三千营总兵、协理国子武学事务大臣。
随马芳调回京师的还有三千精骑，朱载坖下令将这些马芳的亲兵直接编入三千营，成为京营的一部分，同时由俞大猷、马芳负责国子武学的事务，他们都是沙场宿将，朱载坖希望通过他们两人，为大明培养下一代的将帅。
除了这些事情之外，现在京城内外最关心的就是制科考试的事情，作为大明规格最高的考试，现在制科的第一阶段，也就是翰林院试已经完成了，一共有四十人通过了翰林院的考核，进入制科的阁试阶段。
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